Если назначаете мэра непосредственно после захвата колонии - он (как и остальные жители) появится и приступит к своим обязанностям лишь через некоторое время, когда утихнут страсти и из города уберутся мародерствующие матросы (в игровых понятиях - выйти на карту и подождать денёк).